学校创建于1956年，由上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）分迁来渝组建，原名重庆医学院，1985年更名为重庆医科大学。学校是国务院学位委员会批准的首批具有博士和硕士学位授予权的单位，是教育部批准的首批来华留学示范基地。学校2015年成为重庆市人民政府、国家卫生健康委员会（原国家卫生计生委）和教育部共建高校，2016年成为“高等学校学科创新引智计划”（“111计划”）首批立项的地方高校之一。

学校现有全日制在校学生26810人，其中博士、硕士研究生7124人，本科生18824人。4个国家重点学科，8个学科进入ESI全球前1%（2022年1月科睿唯安数据），学校现有8个一级学科博士学位授权点、13个一级学科硕士学位授权点，3个博士专业学位授权点、11个硕士专业学位授权点；学校设有21个学院（系），并设立研究生院，现有本科招生专业36个，拥有国家级一流本科专业建设点13个（临床医学、儿科学、口腔医学、医学检验技术、预防医学、药学、护理学、生物医学工程、基础医学、麻醉学、医学影像学、临床药学、法医学），重庆市一流本科专业建设点27个；临床医学、口腔医学、护理学、中医学专业已通过教育部专业认证。

学校现有专任教师3200余人，其中高级职称专业技术人员2000余人，博士生导师400余人，硕士生导师2100余人。国家级、省部级研究平台62个；1个国家临床教学培训示范中心，4个国家级实验教学示范中心，7门国家级一流课程，4门国家级精品资源共享课、3门国家级精品视频公开课。学校积极开展国内外交流合作，与欧洲、亚洲、北美洲、大洋洲的23个国家和地区的52所教育或医疗卫生机构建立了合作关系，与英国莱斯特大学中外合作办学项目已正式启动，是我国西部地区唯一获批的临床医学中外合作办学项目。学校现有直属附属医院12所，附属第一医院、附属儿童医院连续10年入选“全国医院综合排行榜”百强（复旦大学医院管理研究所发布）。